(ראה גם: מדע, פילוסופיה, תורה-ומדע)
ונתתי אני את לבי לדרוש ולתור בחכמה על כל אשר נעשה תחת השמים, הוא ענין רע נתן אלקים לבני האדם לענות בו... (קהלת א יג)
המסתכל בארבעה דברים רתוי לו כאילו לא בא לעולם, מה למעלה מה למטה, מה לפנים מה לאחור... יכול ישאל אדם קודם שנברא העולם, תלמוד לומר למן היום אשר ברא אלקים אדם על הארץ, יכול לא ישאל אדם מששת ימי בראשית, תלמוד לומר לימים ראשונים אשר היו לפניך, יכול ישאל אדם מה למעלה ומה למטה מה לפנים ומה לאחור, תלמוד לומר ולמקצה השמים ועד קצה השמים... (חגיגה יא ב)
אנכי ה' - רבי יונה בשם רבי לוי בבי"ת נברא העולם, מה בי"ת זה סתום מכל צד ופתוח מצד אחד, כך אין לך רשות לדרוש מה למעלה מה למטה מה לפנים מה לאחור... (פרשה כא)
ואם יאמר אדם היאך נשליט עלינו את העיון במדעים ודיוקם עד שנקבעם לנו לדעה, והרי בני אדם מכחישים מלאכה זו, ובעיניהם העיון מביא לידי כפירה, אומר, אין זה אלא בעיני המוניהם... ואם יאמר הרי גדולי ישראל הזהירו מזה, ובפרט העיון בראשית הזמן וראשית המקום... נאמר בעזרת הרחמן, כי העיון האמיתי לא יתכן שימנעונו ממנו, והרי בוראנו כבר ציוונו עליו עם המסורת האמיתית, כאמרו, הלא תדעו הלא תשמעו הלא הוגד מראש לכם, הלא הבינותם מוסדות הארץ, אבל מנעו מלהניח ספרי הנביאים בצד, ולהחזיק במה שיראה לכל אחד ואחד מדעת עצמו בהעלותו במחשבתו עניני ראשית המקום והזמן, כי מי שמעיין באופן זה אפשר שיכוון אל האמת ואפשר שיטעה, ועד שישיג האמת הרי הוא ללא אמונה, ואפילו אם יגיע אל אמונה אין בטחון שלא תעקר ממנו בגלל איזו טעות שתיראה לו.
דע יחנך ה', כי מה שאנו חוקרים ומעיינים בעניני אמונתנו הוא לשני ענינים, האחד כדי שיתאמת לנו בפועל מה שידענו מפי נביאי ה' בידיעה, והשני כדי שנשיב לכל מי שיטען עלינו בעניני אמונתנו, כי ה' יתברך ויתעלה למדנו כל מה שנחוץ לנו בעניני אמונתנו באמצעות נביאיו... והודיענו כי כאשר אנו מעיינים וחוקרים יוציא לנו העיון האמיתי השלם בכל דבר ככל אשר הודיענו בדברי שליחיו... (הקדמה פרק ו)
...והשני יורך, כי הענינים הרוחניים כאשר נעמוד על ברור מציאותם, אין זה מהזריזות לדקדק בהם ולחקור על גופם, כי זה מפסיד את שכלנו, וזה כמי שטרח להשיג השמש מצד אורה וניצוצה וכו', ממנה יעמוד על מציאותה וההנאה ממנה, ומגיע אל הענין המבוקש ממנה, ומי שיטרח למצאה מצד עיגולה, וכיוון בעיניו להביט אל עין השמש, תכהינה עיניו וידר אורם, ולא יהנה מהשמש. וכן יקרנו כשנשיג מציאות הבורא יתעלה מצד אותותיו וחכמתו בהם ויכלתו בכל ברואיו נשכיל ונבין ענינו, אז יאור שכלנו בידיעתו ונשיג כל מה שיש בכח שכלנו להשיגו, ואם נטריח שכלנו להשיג ענין עצם כבודו ולדמותו ולהמשילו במחשבותינו, נפקד שכלנו והכרתנו, ולא נשיג בהם שום דבר... (שער א פרק י)
כאשר החל ראש הפילוסופים לחקור ולעשות מופתים בענינים עמוקים מאד, אמר מתנצל, דבר זה ענינו, שאין ראוי למעיין בספריו שייחסהו במה שיחקר עליו לעזות, או היותו משתבח ומתפאר והורס לדבר במה שאין ידיעה לו בו, אבל ראוי לו שייחסהו לזריזות והשתדלות בהמציא והעמיד אמונות אמיתיות כפי יכולת האדם, כן נאמר אנחנו, כי צריך לאדם שלא יהרס לזה הענין העצום הנכבד מתחלת המחשבה, בלתי שירגיל עצמו בחכמות ובדעות, וזיקק מדותיו זקוק רב, וימית תאוותיו ותשוקותיו הדמיוניות, וכאשר יבין הקדמות אמיתיות וידעם, וידע דרכי ההקש ועשות המופת, וידע אופני השמירה מהטעאות השכל, אז יקדים לחקירה בזה הענין, ולא יגזור בתחלת דעת שיעלה בלבו ולא ישלח מחשבותיו תחלה וישליטם להשגת הבורא, אבל יבוש וימנע ויעמד, עד שיעלה ראשון ראשון, ועל זה נאמר ויסתר משה פניו כי ירא מהביט אל האלקים... (חלק א פרק ה)
דע כי ההקש בין הספקות המתחייבות לדעת אחת, ובין הספקות המתחייבות לסותרה והכרעת המעט שבהם ספקות, אין הבחינה בו רב מספר הספקות, אבל גודל הרחקת וחלוק המציאות עליהם. ואפשר שיהיה הספק האחד יותר גדול מאלף ספקות אחרות, ולא יתאמת גם כן זה ההקש אלא למי ששני קצות הסותר אצלו בשוה, אבל מי שיבחר אחת משתי הדעות, אם מפני גידול או לתועלת אחת מן התועליות, הוא יתעוור מראות הנכונה, כי הענין המופתי לא יוכל בעל התאוה שתחלוק עליו נפשו. אמנם כיוצא באלו הענינים אפשר לחלוק עליהם הרבה. והנה תוכל אם תרצה להפשיט מעליך התאוות ותשליך המנהג ותשען על העיון לבד, תכריע מה שיצטרך להכריעו, אבל תצטרך בזה אל תנאים רבים, תחלה שתדע שעור טוב שכלך ושלמות טבעך, וזה יתבאר לך בהתלמדך בשאר החכמות הלמודיות על אמיתתם והשגת דרכי חכמת הדבר, והשני ידיעת החכמות הטבעיות ואמתתם עד שתדע הספקות על אמתתם, והג' מדותיך, כי כשימצא האדם עצמו, אין הפרש אצלנו בין שיהיה זה בטבע או בקנין, נוטה אל התאוות וההנאות או בוחר הכעס והקצף והעביר הכח הכעסני ושלח רסנו, הוא לעולם יחטא ויכשילך, כי יבקש דעות יעזרוהו על מה שטבעו נוטה אליו... (חלק ב פרק כג, וראה שם עוד)
ואינני גוזר חלילה שהכוונה מהעבודה הזאת היא על הסדר הזה... והיא תורה מאת האלקים יתברך, ומי שקבלה קבול שלם מבלי שיתחכם בה בשכלו הוא מעולה ממי שיתחכם בה וחקר... (מאמר ב כו)
...ועם הסברא וההתחכמות ישובו הדינים האלו בהיפך, על כן לא תהלך אחר סברתך והקשתך בתולדות המצוות, פן תפול בספקות יביאוך למינות, ולא תסכים דעתך עם חבריך בדבר מהם, כי לכל אחד מבני אדם סברא והקשה. אמנם צריך שתעיין בשרשים מן המקובל והכתוב... (מאמר ג מט)
...כי כבר חסרתי המדרגה העליונה מברור האמונה מבלי מחקר, וכבר קדמו לי ספקות וסברות ודברים עם הפילוסופים... הטוב לי שאלמד ואתחדד בהשבת הדעות הנפסדות הסכלות, כי אין הקבלה טובה אלא עם הלב הטוב, אבל עם רוע הלב החקירה יותר טובה, כל שכן כשיוציא המחקר אל אמונת הקבלה ההיא, ואז יתקבצו לאדם שתי המדרגות, רצוני לומר הידיעה והקבלה יחד. (מאמר ה א)
...ומה שאינו נגלה ימסר בו הענין אל דעת האלקים וצדקו יתברך, ויודה האדם בסכלותו... וכאשר יגיע בדבריו אל העצם הראשון, ומה שהתחייבו בו מן המדות, יבדל מהם ורואה בעדם מסך אור בהיר מנצח הראות, וימנע ממנו השיגו בעבור קצרת ראותנו ודעתנו, לא בעבור הסתרו והחסרו... (שם כא, וראה עוד: אדם-ידיעה, ידיעת הבורא)
ינצר - ישמרם בחקירות העמוקות האלוקיות מטעות בהשגחתו הפרטית, שהטעות בדברים אלו תרחיק את האדם משלמותו. (משלי ב ח)
...אבל מי שיחזיק בתורת משה ויאמין בעקריה, וכשבא לחקור על זה מצד השכל והבנת הפסוקים הטהו העיון, לומר שאחד מן העקרים הוא על דרך אחרת, ולא כפי המובן בתחלת הדעת, או הטעהו העיון להכחיש העיקר ההוא להיותו חושב שאיננו דעת ברי תכריח התורה להאמינו... או יאמין איזו אמונה בנס מנסי התורה, להיותו חושב שאיננו מכחיש בזה שום אמונה מהאמונות שיחוייב להאמין מצד התורה, אין זה כופר... והוא חוטא בשגגה וצריך כפרה... (מאמר א פרק ב)
וראוי שנעיר כאן על ספק אחד אפשר שיסופק על האמונה, והוא, אם בעל הדת מצד היותו בעל דת רשאי או מחוייב לחקור על עקרי דתו ואמונתו אם הם אמתיים ומסכימים למה שהנחנו מעקרי הדת האלוקית, ואם הוא רשאי לחקור, האם הרשות נתונה בידו לבחור הדת שיראה לו יותר אמיתית... אם נאמר שבעל הדת מחוייב לחקור יתחייב שלא יהיה שום בעל דת קיים באמונתו, ולא יהיה אם כן ראוי לקבל שכר על האמונה, אחר שלא תקרא אמונה אלא כשלא תשער הנפש בסתירתה, ואם יחקור, הרי זה מראה שהוא מסופק בה... (שם פרק כד)
...ותראי שכל שאר מעלות שלמותו הבלתי בעל תכלית אינם מתבררים אצלנו כלל, שאין בנו כח להשיג אותם, דרך משל: ידענו שהוא חכם, אבל לא השגנו סוף חכמתו... וכיון שאין אנו יכולים להשיג המעלות האלה, נמשך לנו מזה איסור החקירה בהם... (דעת תבונות לד)
ואולם גדלה הדרך השניה מן הראשונה כאשר יורה יתאמת ויכוון הדבר הנודע על ידי החקירה מאשר יוודע על ידי הקבלה. וזה, כי הקבלה נאמינה אך לא נדעה, ולכן לא נוכל להוריש ולהרחיק מלבבנו מבוכת הספק פן תשקר הקבלה. אך אשר ידענו על ידי החקירה, הנה נכון לבנו בטוח בה מכל וכל, כאשר התאמת לנו המופת עליה וחקרנו אחריה וידענו אמיתותה, הנה על זה הוכח הוכיח הקב"ה את ישראל על ידי נביאו באמרו: (ישעיה כ"ט) ותהי יראתם אותי מצות אנשים מלומדה, כי לא בזה בחר ה', אשר נדע גדולתו מן הקבלה לבד, יען כי בזה חס ושלום יוכל ליפול בלב המאמין מבוכת הספק פן שקר תנחיל הקבלה, אבל יחפוץ אשר נדעה מן החקירה והמופת, למען יהיה לבבנו שלם בה. הלא רק לזה הראנו ה' את כל הנוראות בעת מתן תורתו, למען נדע אמיתו באין ספק... (על גדולת לשון הקודש)
פן תפלס - בל יחשוב לשוב דרך בית הזונה לדרך הישר, כמו שאמרו ניכוף ליצרין ונקבל שכר, כי לא תדע - לשוב, ורוצה לומר שלא יחשוב לשוב על ידי החקירה והפילוסופיה לדרך האמת. אמרי פי - החכמה המקובלת מה', ולא תסור לחקירה ודעת מינים. (משלי ה ו וז)
אמרת ה' צרופה - בכל החקירות האלה צריך לסמוך על עדות התורה שנבראו יש מאין. (שם ל ה)
וחקרת - על הנעלם בענין העדות, ושאלת - על שאר מסיבות המעשה. (דברים יג טו)