דבר אחר כשתפסו את רבי חנינה בן תרדיון נגזרה עליו גזירה לשרוף ספרו, אמרו לו גזירה נגזרה עליך לשרוף ספרך, קרא מקרא הזה הצור תמים פעלו, אמרו לאשתו נגזרה על בעליך גזירה לשרוף ספרו עליו ועליך וליהרג, קראה המקרא הזה א-ל אמונה ואין עול, אמרו לבתו נגזרה גזירה על אביך לשרוף ספרו עליו, ועל אמך ליהרג ועליך לעשות מלאכה, קראת מקרא הזה, גדול העצה ורב העליליה. ר' אומר גדולים מעשים אילו שהם בעת צרתם הצמיחו שלשה פסוקים של צידוק הדין מה שאין כן בכל הכתובים... (האזינו שז)
...אחר רבי חנניה בן תרדיון לסיכנין. (סנהדרין לב ב)
תנו רבנן כשנתפסו רבי אלעזר בן פרטא ורבי חנינא בן תרדיון א"ל ר' אלעזר בן פרטא לרבי חנינא בן תרדיון אשריך שנתפסת על דבר אחד אוי לי שנתפסתי על חמשה דברים, א"ל רבי חנינא אשריך שנתפסת על חמשה דברים ואתה ניצול, אוי לי שנתפסתי על דבר אחד ואיני ניצול, שאת עסקת בתורה ובגמילות חסדים, ואני לא עסקתי אלא בתורה בלבד... והתניא רבי אליעזר בן יעקב אומר לא יתן אדם מעותיו לארנקי של צדקה אלא אם כן ממונה עליו תלמיד חכם כר' חנינא בן תרדיון, הימנוה הוא דהוה מהימן, מיעבד לא עבד, והתניא אמר לו מעות של פורים נתחלפו לי במעות של צדקה וחלקתים לעניים, מיעבד עבד, כדבעי ליה לא עבד...
אתיוהו לרבי חנינא בן תרדיון אמרו ליה אמאי קא עסקת באורייתא, אמר להו כאשר צוני ה' אלקי, מיד גזרו עליו לשריפה ועל אשתו להריגה ועל בתו לישב בקובה של זונות, עליו לשריפה, שהיה הוגה את השם באותיותיו, והיכי עביד הכי, והתנן אלו שאין להם חלק לעולם הבא... אבא שאול אומר אף ההוגה את השם באותיותיו, להתלמד עבד... אלא מאי טעמא אענש משום הוגה את השם בפרהסיא דהוי. ועל אשתו להריגה דלא מיחה ביה... ועל בתו לישב בקובה של זונות דאמר ר' יוחנן פעם אחת היתה בתו מהלכת לפני גדולי רומי, אמרו כמה נאות פסיעותיה של ריבה זו, מיד דקדקה בפסיעותיה, והיינו דאמר ר' שמעון בן לקיש מאי דכתיב עון עקבי יסבני, עונות שאדם דש בעקביו בעולם הזה מסוין לו ליום הדין. בשעה שיצאו שלשתן צדקו עליהם את הדין, הוא אמר הצור תמים פעלו וגו', ואשתו אמרה א-ל אמונה ואין עול, בתו אמרה גדול העצה ורב העליליה אשר עיניך פקוחות על כל דרכי וגו'. אמר רבי כמה גדולים צדיקים הללו שנזדמנו להן שלש מקראות של צדוק הדין בשעת צדוק הדין.
תנו רבנן כשחלה רבי יוסי בן קיסמא הלך רבי חנינא בן תרדיון לבקרו, אמר לו חנינא אחי, אי אתה יודע שאומה זו מן השמים המליכוה, שהחריבה את ביתו ושרפה את היכלו והרגה את חסידיו ואבדה את טוביו ועדיין היא קיימת, ואני שמעתי עליך שאתה יושב ועוסק בתורה ומקהיל קהלות ברבים וספר מונח לך בחיקך, אמר לו מן השמים ירחמו. אמר לו אני אומר לך דברים של טעם ואתה אומר לי מן השמים ירחמו, תמה אני אם לא ישרפו אותך ואת ספר תורה באש. אמר לו רבי מה אני לחיי העולם הבא, אמר לו כלום מעשה בא לידך, אמר לו מעות של פורים נתחלפו לי במעות של צדקה וחלקתים לעניים, אמר לו אם כן מחלקך יהי חלקי ומגורלך יהי גורלי. אמרו לא היו ימים מועטים עד שנפטר ר' יוסי בן קיסמא והלכו כל גדולי רומי לקברו והספידוהו הספד גדול, ובחזרתן מצאוהו לרבי חנינא בן תרדיון שהיה יושב ועוסק בתורה ומקהיל קהלות ברבים וספר תורה מונח לו בחיקו, הביאוהו וכרכוהו בספר תורה והקיפוהו בחבילי זמורות והציתו בהן את האור, והביאו ספוגין של צמר ושראום במים והניחום על לבו כדי שלא תצא נשמתו מהרה. אמרה לו בתו אבא אראך בכך, אמר לה אילמלי אני נשרפתי לבדי היה הדבר קשה לי, עכשיו שאני נשרף וספר תורה עמי מי שמבקש עלבונה של ספר תורה הוא יבקש עלבוני. אמרו לו תלמידיו רבי מה אתה רואה, אמר להן גליון נשרפין ואותיות פורחות. אף אתה פתח פיך ותכנס בך האש, אמר להן מוטב שיטלנה מי שנתנה ואל יחבל הוא בעצמו. אמר לו קלצטונירי רבי אם אני מרבה בשלהבת ונוטל ספוגין של צמר מעל לבך אתה מביאני לחיי העולם הבא, אמר לו הן, השבע לי, נשבע לו, מיד הרבה בשלהבת ונטל ספוגין של צמר מעל לבו יצאה נשמתו במהרה, אף הוא קפץ ונפל לתוך האור, יצאה בת קול ואמרה רבי חנינא בן תרדיון וקלצטונרי מזומנין הן לחיי העולם הבא. בכה רבי ואמר יש קונה עולמו בשעה אחת, ויש קונה עולמו בכמה שנים.
ברוריה דביתהו דר' מאיר ברתיה דר' חנינא בן תרדיון הואי, אמרה לו זילא בי מלתא דיתבא אחתאי בקובה של זונות, שקל תרקבא דדינרי ואזל... (ע"ז יז ב, וראה עוד רבי מאיר)
מעשה בבנו של רבי חנינא בן תרדיון שיצא לתרבות רעה ותפסוהו ליסטין והרגוהו נמצא תפוח לאחר ג' ימים נתנוהו בכבודו והניחוהו על גבי מטה והכניסוהו לתוך העיר והיו מקלסין לפניו בכבוד של אביו ושל אמו, קרא עליו הפסוק ונחמת באחריתך בכלות בשרך ושארך ואמרת איך שנאתי מוסר ותוכחת נאץ לבי ולא שמעתי בקול מורי ולמלמדי לא הטיתי אוזן... (פרק יב)
מעשה בבנו של ר' חנניה בן תרדיון שנתחבר ללסטים וגלה את רזן והרגוהו ומלאו פיו עפר וצרורות, לאחר שלשה ימים נתנוהו בכליבא ובקשו לקלס עליו מפני כבוד אביו ולא הניחן, אמר להם הניחו לי ואני אומר על בני, פתח ואמר (משלי ה') ולא שמעתי לקול מורי ולמלמדי לא הטיתי אזני כמעט הייתי בכל רע בתוך קהל ועדה. ואמו קראת עליו (שם י"ז) כעס לאביו בן כסיל וממר ליולדתו, אחותו קראת עליו (שם ב') ערב לאיש לחם שקר ואחר ימלא פיהו חצץ. (איכה ג יד)
יפתח הוא ר' חנינא בן תרדיון דנשרף, ואשתו על שלא מיחתה בו על שהוגה השם באותיותיו נהרגה, ובתו נתנה בקובה של זונות מוסגרת. וביפתח כתיב ואני פציתי פי אל ה' ולא אוכל לשוב, וזה היה הוגה השם באותיותיו, ועתה נתקנו, כי על זה נשרף על קידוש השם, וגם אשתו אז היא אשתו פה כי לא מיחה אז עתה לא מיחה, ובתו על כי שנהרגה שלא כדין ניצולה עתה. (גלגולי נשמות סו)