שמונים תלמידים היו לו להלל הזקן... גדול שבכולן יונתן בן עוזיאל, קטן שבכולם רבן יוחנן בן זכאי... אמרו עליו על יונתן בן עוזיאל בשעה שיושב ועוסק בתורה כל עוף שפורח עליו מיד נשרף. (סוכה כח א)
וא"ר ירמיה ואיתימא רבי חייא בר אבא תרגום של תורה אונקלוס הגר אמרו מפי ר' אליעזר ור' יהושע, תרגום של נביאים יונתן בן עוזיאל אמרו מפי חגי זכריה ומלאכי, ונזדעזעה ארץ ישראל ארבע מאות פרס על ארבע מאות פרסה, יצתה בת קול ואמרה מי הוא זה שגילה סתריי לבני אדם, עמד יונתן בן עוזיאל על רגליו ואמר אני הוא שגליתי סתריך לבני אדם, גלוי וידוע לפניך שלא לכבודי עשיתי ולא לכבוד בית אבא אלא לכבודך עשיתי שלא ירבו מחלוקת בישראל. ועוד ביקש לגלות תרגום של כתובים, יצתה בת קול ואמרה לו דייך, מאי טעמא משום דאית ביה קץ משיח. (מגילה ג א)
תנו רבנן מעשה באדם אחד שלא היו בניו נוהגין כשורה עמד וכתב נכסיו ליונתן בן עוזיאל, מה עשה יונתן בן עוזיאל, מכר שליש, והקדיש שליש, והחזיר לבניו שליש, בא עליו שמאי במקלו ותרמילו, א"ל, שמאי אם אתה יכול להוציא את מה שמכרתי ומה שהקדשתי, אתה יכול להוציא מה שהחזרתי, אם לאו אי אתה יכול להוציא מה שהחזרתי, אמר הטיח עלי בן עוזיאל, הטיח עלי בן עוזיאל... (בבא בתרא קלג ב)
אמר רבי יוסי בי רבי בון אכין הוה עובדא יונתן בר עוזיאל הדירו אביו מנכסיו ועמד וכתבן לשמי, מה עשה שמי, מכר מקצת והקדיש מקצת ונתן לו מתנה את השאר, ואמר כל מי שיבוא ויערער על המתנה הזאת יוציא מיד הלקוחות ומיד ההקדש ואחר כך יוציא מיד זה. (נדרים יט ב)