תא שמע דרבי חנינא ור' יונתן הוו קיימי, אתא ההוא גברא גחין ונשקיה לר' יונתן אכרעיה, אמר ליה ר' חנינא מאי האי, א"ל כותב נכסיו לבניו הוא ועשיתינהו (כפיתי אותם) לזניה. (כתובות מט ב)
ר' יונתן מסר מילי (בלא כתיבת פרוזבול) לר' חייא בר אבא, אמר ליה צריכנא מידי אחרינא, אמר ליה לא צריכת. (גיטין לז א)
ראה עוד ר' חנינא ע"ז יז א.
רבי יונתן הוה דאין טבאות (היה הדיין שיכול לדון בטוב, שמקיים בעצמו התקוששו וקושו). והוה תמן חד רומיי והוה מגיריה (שכנו) בחקלא ובביתא, והוה לר' יונתן חד אילן נטה גו דהוא רומיי, אתא קומי חד דיין אכן, (בא לפניו דין אחד כן שהיה אילן של אחד נוטה לתוך שדה חבירו ותבעו לפניו), אמר לון אזלון ותון בצפרא, אמר ההוא רומייה בגיני לא נפק דינא, למחר אנא מבטל אילו מדידי וחמי היאך דינא נפק, אין הוה דאין כל עמא ולא דאין נפשיה לית הוא בר נש. באפתי רמשא (לעת ערב) שלח רבי יונתן בתר נגריה אמר פוק קוץ מה דנטה גו רומייה, בצפרא קרץ (השכים) בעל דיניה לגביה, א"ל זיל קוץ מה דנטה גו דידיה, א"ל רומייה דידך מה, א"ל פוק חמי יתיה כמה דידי עבד דידך, נפק חמיתי, אמר בריך א-לההון דיהודאי.
חדא איתא אוקרית תאנין (הביאה תאנים) לרבי יונתן אמר לה בבעו מינך אי אעילתינון מיגליין אפקינין מיגליין, ואין אעילתינון מיכסיין אפקינון מיכסיין, דלא יימרון ברייתא דינרין יהבת ליה ואוקרה תאינין, (שתוציאם כמו שהכניסה אותם, שלא יאמרו דינרין הביאה לו והוא כיבדה בשביל זה בתאנים שלו).
רבי חנינה אעיל לרבי יונתן בגינתיה ואייכליה תאנין, מדנפק חמא חד אילין דברת שובעין חיוורין (בנות הלבנים המשובחים), אמר ליה למה לא אוכלתני מן אילין, א"ל דאינון לבריה, רבי חנינה חשש משום גזל בנו. (בבא בתרא ז ב)
רבי יונתן סלק למצלי (להתפלל) בירושלים, עבר בהדין פלטאניס וחמתיה חד שמריי (שומרוני), א"ל להיכן את אזיל, א"ל למסיק למצלי בירושלים, א"ל לא טב לך למצלי בהדין טורא בריכא ולא בההוא ביתא קלקלתא, א"ל למה הוא בריך, א"ל דלא טף במוי דמבולא. נתעלמה מעיני רבי יונתן ולא השיבו. לשעה א"ל חמריה רבי הרשיני ואני משיבו, א"ל הין, א"ל אין מן טוריה רמיא הוא הא כתיב ויכסו כל ההרים הגבוהים, ואין מן מכייא (נמוכים) הוא לא אשגח ביה קרייא ולא אחשיבה כלום. מיד ירד לו רבי יונתן מעל החמור והרכיבו ג' מילין, וקרא עליו ג' מקראות, (דברים ז') לא יהיה בך עקר ועקרה ובבהמתך, אפילו בבהמות שבכם, (שיר ז') כפלח הרמון רקתך מבעד לצמתך, אפילו הריקין שבכם רצוף תשובות כרמון, (ישעיה נ"ד) כל כלי יוצר עליך לא יצלח וכל לשון תקום אתך למשפט תרשיעי, זאת נחלת עבדי ה' וגו'. (בראשית לב טז)